A restrição social em função da pandemia da covid-19 ocasionou a suspensão temporária das atividades presenciais das universidades, podendo ter aumentado a prevalência de sintomas de ansiedade e depressão devido, dentre outros fatores, às mudanças nas rotinas acadêmicas. Este trabalho objetivou estimar a prevalência de sintomas de ansiedade e depressão e sua associação com rotinas acadêmicas de graduandos durante a pandemia da covid-19. É um estudo transversal realizado com dados da linha de base da pesquisa PADu-COVID, conduzido com 1.353 graduandos de uma Instituição de Ensino Superior. Os dados foram coletados por meio de questionário on-line. Os desfechos foram a presença de sintomas de ansiedade e sintomas de depressão e as variáveis explicativas foram as rotinas acadêmicas. Para análise bivariada e multivariada utilizou-se regressão de Poisson, com medida de associação de Razão de Prevalência (RP), intervalos de confiança de 95% (IC95%) e nível de significância estatística de 5%. A prevalência de sintomas de transtorno de ansiedade e depressão foi de 46,1% e 54,6%, respectivamente. A presença de uma, duas ou mais dificuldades para lidar com a pandemia da covid-19 foi associada aos sintomas de ansiedade (RP 2,08 [IC95% 1,51-2,86]) e depressão (RP 1,96 [IC95% 1,51-2,55]) e a diminuição na carga de estudo associou-se aos sintomas de depressão (RP 1,17 [IC95% 1,01-1,36]). Apesar de necessária, a suspensão das atividades presenciais parece se relacionar com a elevada prevalência encontrada nos estudantes de sintomas de transtorno de ansiedade e depressão, observando-se ainda relação dose-resposta de dificuldades vivenciadas pelos estudantes e sua saúde mental.