Objetivo. Conocer las barreras y los motivos de no vacunación en niños y niñas menores de cinco años en algunas ciudades de Colombia. Métodos. Diseño cualitativo basado en entrevistas y grupos focales a personal de salud y cuidadores en cuatro ciudades colombianas seleccionadas de acuerdo a diferentes coberturas de vacunación y densidades poblacionales Resultados. Se identificaron diferentes factores que pueden influir en el incumplimiento de los esquemas de vacunación en los dos municipios con baja cobertura, como el temor a la reacción posvacunal, las condiciones socioeconómicas, geográficas y de seguridad de la población, las condiciones laborales del personal de vacunación, los problemas administrativos y económicos y el desarrollo precario de los sistemas de información. Conclusiones. Desde el punto de vista cualitativo, los equipos de vacunación y los cuidadores destacaron aspectos sociales e institucionales que contribuyen o limitan el cumplimiento de las coberturas de vacunación en las ciudades que participaron en el estudio.