Este estudo objetivou investigar a incidência de leishmaniose visceral em populações caninas de áreas de risco para a doença previamente identificados nos municípios de Lauro de Freitas e Camaçari, Bahia e estimar a associação entre variáveis de risco e a soroconversão de cães tidos como soronegativos em estudo prévio. Cerca de nove a 18 meses foi o intervalo entre a primeira sorologia (estudo prévio) e os resultados descritos neste trabalho. Das 20 áreas de risco reexaminadas, foram testadas em enzime-linked immunosorbent assay amostras de 147 cães e aplicado simultaneamente um questionário epidemiológico aos respectivos proprietários. A incidência geral encontrada foi de 18,4% (27/147), sendo 17,4% (4/23) em Lauro de Freitas e 18,5% em Camaçari (23/124). A presença de galinha e suínos no peridomicílio e registro de cão com leishmaniose visceral eliminado na vizinhança resultaram em incremento do risco relativo de infecção dos cães por Leishmania sp. A eutanásia dos cães previamente detectados como soropositivos, não contribuiu efetivamente para a eliminação da transmissão do parasito nas áreas de risco. Estes dados demonstram que estas áreas permaneceram com transmissão ativa do parasito mesmo após a retirada, ainda que incompleta no município de Camaçari, dos cães soropositivos, e discute a participação de alguns fatores de risco na manutenção da endemicidade nestas áreas.