Lemna aequinoctialis and Lemna valdiviana were tested genetic similarity by random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting. Of 60 primers (10-mer) tested, 26 generated polymorphic products. 143 bands were found from 200bp up to 1500bp, 109 were polymorphic (76,2%), with an average of 4,19. Of these, only 18 were specific of L. aequinoctialis, while 91 bands were specific for L. valdiviana. Data were used to generate Jaccard’s similarity coefficients and to construct a dendrogram using UPGMA method in the BiodiversityPro statistical package. It is concluded from this study that there were clear differences (high genetic diversity) between L. aequinoctialis and L. valdiviana and that RAPD sesults are comparable with those obtained from studies on morphology, It is a practical method to assess the relationships between these species. ; La similitud genética entre Lemna aequinoctialis y Lemna valdiviana fue determinada utilizando el análisis de fragmentos polimórficos de ADN amplificados al azar (RAPDs). Un total de 26 de los 60 iniciadores (10 nucleótidos) monitoreados fueron capaces de amplificar ADN, generando 143 bandas desde 200pb hasta 1500pb, de las cuales 109 son polimórficas (76,2%) con una media de 4,19 bandas polimórficas por iniciador. De estas solo 18 fueron específicas de L. aequinoctialis, mientras que 91 bandas fueron específicas para L. valdiviana. Las distancias genéticas se estimaron por medio del coeficiente de similitud Jaccard. Con base en las distancias genéticas, se construyó un dendrograma mediante el método UPGMA, usando el programa BioDiversityPro. Se concluye de este estudio que hay claras diferencias (alta diversidad genética) entre L. aequinoctialis y L. valdiviana y que el uso de marcadores RAPD es muy eficiente en la identificación de estas especies.