RESUMO A criptosporidiose é uma importante zoonose que pode ser transmitida por meio de alimentos, água de bebida e por contato com animais e pessoas infectadas. Além disso, trata-se de uma enfermidade clínica ou subclínica frequente em diversas espécies de animais, incluindo coelhos domésticos. O objetivo deste estudo foi determinar a ocorrência de Cryptosporidium spp., realizar sua classificação molecular e relacionar a presença do parasito às diferentes fases de criação em 21 criações comerciais de coelhos, localizadas nos estados de Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Pernambuco, Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Quinhentas e catorze amostras de fezes foram colhidas e armazenadas em solução de dicromato de potássio 5%. Os oocistos foram purificados por centrífugo-flutuação em solução de Sheather e visualizados por microscopia, utilizando-se a coloração negativa com verde malaquita. Cinquenta e cinco amostras foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (nested PCR) e ao sequenciamento de fragmentos amplificados, referentes aos genes da subunidade 18S do rRNA e da glicloproteína GP60, visando à caracterização molecular de Cryptosporidium spp. Oito amostras foram positivas para Cryptosporidium spp. pela microscopia (1,56%; 8/514) e sete foram positivas pela nested PCR (12,73%; 7/55). Pela análise molecular, foi possível identificar Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) e C. cuniculus subtipo VbA21 (gp60) em coelhos jovens e em matrizes.