O sistema de gestão de proteção de dados pessoais e estudos clínicos em Portugal levanta controvérsia e uma interpretação distinta, dada a sensibilidade ética do tema, a integridade humana. Além deste fato, estamos diante de um problema que envolve diversos interesses e, assim, um confronto de posições. Pretende-se, ao longo deste artigo, abordar a percepção da forma como os profissionais da área da saúde, no seu quotidiano, lidam com a questão do tratamento de dados clínicos, numa tentativa de harmonizar pontos de vista e de conteúdo, verificando se há realmente um esforço das instituições hospitalares para facilitarem este processo e permitirem que os usuários sejam universalmente protegidos e bem tratados. Os resultados obtidos no documento de consulta de profissionais de saúde indicam que há uma preocupação com a confidencialidade em 100% dos inquiridos, embora existam sistemas de gestão de dados clínicos diferenciados (seis distintos). Espera-se uma tendência ascendente na procura dessas informações úteis e de interesse para deter essa informação, tomada por profissionais de saúde, instituições de saúde, seguradoras etc. O problema surge no confronto entre a proteção da vida privada, o interesse específico de usuários, o interesse público e as políticas institucionais e governamentais vigentes. Partindo do pressuposto de que a garantia de confidencialidade é uma realidade em termos de segurança, é necessário determinar se os meios utilizados para atingir essa tarefa são os mais eficientes e permitem uma gestão sustentável dos dados de saúde. ; The management system of protection of personal data and clinical studies in Portugal raises controversy and different interpretation due to the ethical sensitivity of the subject, human integrity. Beyond this fact, we face a problem that involves many interests, and thus a clash of positions. It is intended throughout this article to get answers from professionals in their daily lives to deal with the issue of treatment of clinical data in an attempt to harmonize views and content, checking if there really is an effort by hospitals to facilitate this process and allow users to be universally protected and treated well. The results obtained in the consultation document of health professionals indicate that there is a concern with confidentiality in 100% of respondents, although there are systems of different clinical data management (six distinct). An upward trend, in demand for this useful and of interest to hold this information, is expected and taken by health professionals, health institutions, insurance companies etc. The problem arises in the confrontation between the protection of privacy, the specific interest of users, the public interest and institutional policies and government regulations. Assuming that the guarantee of confidentiality is a reality in terms of security, it is necessary to determine whether the means used to achieve this task are the most efficient and allow a sustainable management of health data.