Objetivo: Conocer la evolución de la prevalencia de mala salud percibida en España por comunidades autónomas (CC.AA.) para el periodo 2001-2012, las diferencias por sexo y edad, y la influencia del nivel educativo. Método: Estudio transversal de la Encuesta Nacional de Salud de 2001 a 2011-12, y de la Encuesta Europea de 2009. Se realizó un estudio descriptivo por sexo, edad, nivel educativo y C.A. de residencia ajustado por edad. Se utilizaron análisis de regresión logística para estudiar la evolución temporal y conocer la asociación entre el nivel educativo y la salud percibida, calculando su capacidad predictiva mediante el estadístico C. Resultados: La prevalencia de mala salud percibida fue mayor en las mujeres con nivel educativo bajo y mejoró en las de nivel educativo alto (18,6% en 2001 y 14,6% en 2012). La mayor prevalencia de mala salud percibida se observó en Andalucía, Canarias, Galicia y Murcia, con diferencias por sexo. El nivel educativo bajo se asoció con una peor salud percibida en la mayoría de las CC.AA., con buena capacidad predictiva. En todas las CC.AA., excepto Asturias, existió una mayor percepción de mala salud en las mujeres que en los hombres. En España, la prevalencia de mala salud percibida se mantuvo sin cambios en el periodo analizado, pero mejoró en Baleares, Cataluña y Madrid. Conclusiones: En España existen diferencias en la prevalencia de mala salud percibida por CC.AA. Aunque no varía en el periodo analizado, se observan desigualdades en su evolución según el nivel educativo y el sexo, que podrían conllevar un aumento de las desigualdades en mujeres según el nivel educativo.