El objetivo de esta tesis es avanzar en el conocimiento de la dinámica ecológica de la almeja fina nativa de Europa, Ruditapes decussatus, y la almeja japonesa introducida, Ruditapes philippinarum. Se estudian aspectos relevantes de la dinámica ecológica que requerían ser investigados, tales como la expansión de almeja japonesa, la interacción competitiva, la dispersión larvaria y reclutamiento o la estimación de la talla mínima de captura. A la vez se explora la idoneidad de una metodología de muestreo para la evaluación continua de estas poblaciones en estuarios de gran extensión. Para el desarrollo de estos estudios se realizaron muestreos y experimentos de las especies objetivo en el ámbito de estudio y se llevaron a cabo los análisis de laboratorio asociados a los mismos. Además, se desarrollaron y se aplicaron modelos ecológicos predictivos. Los resultados de la tesis proveen información y herramientas para apoyar los modelos de gestión del marisqueo de las especies estudiadas tanto, en general, para los estuarios donde están presentes y son explotadas como, en particular, para la Bahía de Santander. ; The objective of the thesis is to advance in the understanding of ecological dynamics of the European native grooved carpet shell clam Ruditapes decussatus and the introduced Manila clam Ruditapes philippinarum. Ecologically relevant aspects requiring investigation, such as the expansion of the Manila clam, competitive interaction, larval dispersal and recruitment or suitable specific catch size have been investigated. Moreover, the suitability of a sampling methodology for the assessment of these clam populations in large estuaries have been evaluated. For this purpose, field surveys, laboratory procedures and field experiments have been conducted, together with the development and application of ecological predictive models. The results of this thesis provide information and tools to support the studied species fishery management models both in general, for the estuaries where these species dwell and exploited and, in particular, for the Bay of Santander.