Light is a source of energy and also a regulator of plant physiological adaptations. We show here that light/dark conditions affect alternative splicing of a subset of Arabidopsis genes preferentially encoding proteins involved in RNA processing. The effect requires functional chloroplasts and is also observed in roots when the communication with the photosynthetic tissues is not interrupted, suggesting that a signaling molecule travels through the plant. Using photosynthetic electron transfer inhibitors with different mechanisms of action, we deduce that the reduced pool of plastoquinones initiates a chloroplast retrograde signaling that regulates nuclear alternative splicing and is necessary for proper plant responses to varying light conditions. ; Fil: Petrillo, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina ; Fil: Godoy Herz, Micaela Amalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina ; Fil: Fuchs, Armin. Medical University of Vienna. Max F. Perutz Laboratories; Austria ; Fil: Reifer, Dominik. Medical University of Vienna. Max F. Perutz Laboratories; Austria ; Fil: Fuller, John. The James Hutton Institute. Cell and Molecular Sciences; Reino Unido ; Fil: Yanovsky, Marcelo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquimicas de Buenos Aires; Argentina. Fundación Instituto Leloir; Argentina ; Fil: Simpson, Craig. The James Hutton Institute. Cell and Molecular Sciences; Reino Unido ; Fil: Brown, John W. The James Hutton Institute. Cell and Molecular Sciences; Reino Unido ; Fil: Barta, Andrea. Medical University of Vienna. Max F. Perutz Laboratories; Austria ; Fil: Kalyna, Maria. Medical University of Vienna. Max F. Perutz Laboratories; Austria ; Fil: Kornblihtt, Alberto Rodolfo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencias; Argentina