Large numbers of domestic stock have been reported among the faunal remains recovered from archaeological sites with predominantly forager-associated material culture in the highlands of Lesotho. These remains, in conjunction with the presence of artefacts of apparent agropastoralist origin, have led to the suggestion that either a process of neolithisation saw the adoption of livestock-keeping by traditionally foraging peoples, or that extensive contact and trade occurred between foraging groups in the mountains and distant agropastoralist communities. We present here ancient DNA evidence that the frequency of domestic stock in the faunal assemblages has been significantly overestimated and that, as a consequence, the nature of the relationships between highland foragers and agropastoralists has been misconstrued.ABSTRAITDe fortes proportions de bétail domestique ont été signalées dans les restes fauniques de sites archéologiques dans les hautes terres du Lesotho dont la culture matérielle indique plutôt des associations avec des groupes de chasseurs-cueilleurs. Ces restes, et la présence d’artefacts provenant apparemment de groupes d’agro-pasteurs, ont conduit à la proposition qu’un processus de néolithisation vit des groupes traditionnellement chasseurs-cueilleurs adopter l’élevage de bétail, ou alors que des contacts et échanges substantiels existaient entre les groupes chasseurs-cueilleurs dans les montagnes et les communautés d’agropasteurs éloignées. Ici, nous présentons des résultats d’ADN ancien qui montrent que la fréquence du bétail domestique dans les assemblages fauniques a été considérablement surestimée et que, par conséquence, le caractère des liens entre chasseurs-cueilleurs des hautes terres et agropasteurs a été mal interprété.