O objetivo deste artigo é avaliar o consumo de alimentos de risco e proteção para as doenças crônicas não transmissíveis e sua associação com a gordura corporal por funcionários da área de saúde de uma universidade pública da cidade de Recife, em Pernambuco. Estudo transversal, envolvendo 267 adultos. Foram constituídos 2 grupos de alimentos: Risco e proteção. O consumo alimentar foi avaliado por um questionário de frequência alimentar com mensuração convertida em escores. O modelo conceitual considerou variáveis sociodemográficas, comportamentais e antropométricas. Foi evidenciada uma elevada prevalência de excesso de peso e do baixo consumo de alimentos protetores. As medianas dos escores de consumo de alimentos de risco e proteção foram similares em todas as variáveis analisadas, exceto por um maior consumo de alimentos protetores observado nos indivíduos obesos (p = 0,000). O estudo aponta para a complexidade envolvida na relação entre consumo alimentar, gordura corporal e doenças crônicas não transmissíveis, indicando a necessidade de novos estudos com delineamentos mais apropriados, fornecendo subsídios para futuras intervenções nesta população.