La risonanza magnetica si pone oggi come metodica fondamentale nello studio delle malformazioni congenite del sistema nervoso centrale. La ottimale differenziazione fra sostanza bianca e grigia e la possibilità di ottenere immagini multiplanari unita alla non invasività della metodica stessa permettono una semplice e sistematica analisi delle condizioni dell'encefalo dei neonati e dei bambini. Nei casi di malformazioni cranio-encefaliche la RM si dimostra sempre più informativa della TC, sia nell'identificazione della malformazione stessa, sia nell'eventuale inquadramento chirurgico, sia nell'identificazione di alterazioni associate spesso più importanti clinicamente rispetto alla malformazione principale. Ruolo sostanziale è nei casi di disgenesia parziale del corpo calloso, nelle patologie della fossa cranica posteriore, e, soprattutto, nell'identificazione ed inquadramento dei disordini della migrazione.