A avaliação da aprendizagem tem sido considerada uma das atividades mais complexas e polêmicas entre as atribuídas ao professor, principalmente quando se refere ao ambiente universitário dos cursos da área da saúde onde se observa que grande parte do corpo docente não possui formação pedagógica. O objetivo deste trabalho foi compreender as dificuldades da avaliação no processo de ensino-aprendizagem em um Curso de Farmácia. Para tanto, foram aplicados 2 questionários abertos abordando 61,3% dos docentes e 56,6% dos discentes, onde se pode observar que 85% dos professores e alunos entrevistados atribuem o significado da avaliação escolar à medida do conhecimento do aluno, indicando a forte influencia tecnicista. Entretanto, há uma tendência do corpo docente em usar diversos instrumentos para diagnosticar o aprendizado dos alunos, anunciando uma importante mudança em direção a um paradigma emergente que reclama relações mais humanizadas. Por outro lado, nota-se que os alunos apontam os instrumentos denominados como "prova" com freqüência superior se comparados aos professores. Soma-se a isto, outra dificuldade apontada pelos professores relacionada com a incompreensão de textos, além de pouca motivação para capacitação pedagógica. Sugere-se a inclusão de mais um instrumento para diagnóstico dos progressos do aluno: o Portfólio. Em conclusão, recomenda-se fortemente a profissionalização dos professores a fim de desenvolverem as habilidades e as competências pertinentes ao curso.