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Biclustering of Gene Expression Data Based on Local Nearness.

Proceedings article published in 2006 by Jesús S. Aguilar Ruiz, Domingo S. Rodríguez ORCID, Dan A. Simovici
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Abstract

Résumé. L'analyse des données d'expression de génes dans les fragments d'ADN est un outil important utilisé dans la recherche genomique dont les objectifs prin-cipaux s'étendent de l'étude du caractére fonctionnel des génes spécifiques et leur participation dans les processus biologiques à la reconstruction de condi-tions des maladies et leur pronostique. Les données d'expression des génes sont arrangées dans les matrices où chaque géne corresponde à une ligne et chaque colonne représente une condition expérimentale spécifique. Les techniques de biclustering ont le but de trouver de sous-ensembles de génes qui montrent les modéles d'activité similaires sous un sous-ensemble des conditions. Notre ap-proche consiste en un algorithme de biclustering basé sur la proximité locale. L'algorithme cherche biclusters dans une manière greedy, commen?ant avec bi-clusters qui contiennent deux génes et incluant autant de génes que possible dépendant d'un seuil de distance qui garantit la similarité de comportements des génes.