Uma fração oleaginosa obtida do extrato etanólico de frutos de Pterodon pubescens Benth (FHPp) foi microencapsulada em um sistema polimérico. Estes sistemas foram desenvolvidos utilizando o método de coacervação complexa, constituído de alginato/quitosana massa molecular média (F1-MC), alginato/quitosana com desacetilação superior a 75% (F2-MC) e alginato/quitosana de massa molecular baixa (F3-MC). Estes sistemas desenvolvidos têm o potencial tanto de mascarar o sabor do extrato, quanto de protegê-lo de possível degradação química. A influência dos parâmetros de formulação e processo foram determinadas por caracterização química, determinação da eficiência de microencapsulação da fração oleaginosa e por avaliação morfológica da microcápsula. As formulações mostraram-se ligeiramente amareladas, inodoras e com sabor agradável. Os diâmetros médios das microcápsulas foram de 0,4679 µm (F2-MC), 0,5885 µm (F3-MC) e 0,9033 µm (F1-MC). A melhor formulação foi F3-MC, considerando-se que apresentou eficiência de encapsulação de 61,01 ± 2,00%, e perfil de liberação in vitro de 75,88 ± 0,45%; o conteúdo dos vouacapanos 3-4 foi 99,49 ± 2,80%. O melhor modelo para descrever a cinética de liberação foi o modelo proposto por Higuchi para F1-MC e F3-MC, entretanto, para F2-MC foi o modelo de primeira ordem, e o mecanismo de liberação foi do tipo super caso II para todas as formulações.