Objetivou-se com este estudo identificar os fatores de risco associados à infecção por Chlamydophila abortus em caprinos e ovinos nas regiões do Litoral/ Zona da Mata e Agreste do Estado de Pernambuco. Foram colhidas 290 amostras de soros para pesquisa de anticorpos contra clamídia em 12 propriedades. Para identificar os fatores de risco foram aplicados questionários junto aos proprietários. A freqüência de animais soro-reagentes nos rebanhos estudados foi de 10,3%, sendo 12,0% para caprinos e 8,1% para ovinos, identificando-se 11/12 (91,6%) focos da infecção. Registra-se a primeira ocorrência de anticorpos anti-C. abortus em caprinos no estado de Pernambuco e em ovinos no Brasil. Os fatores de risco associados à infecção em caprinos foram a raça (OR=9,10) e o manejo intensivo (OR=6,41) e para ovinos não foram encontradas associações significativas para nenhum fator analisado. Concluiu-se que a infecção por Chlamydophila sp. encontra-se disseminada em criações de caprinos e ovinos da Zona da Mata e Agreste do Estado de Pernambuco. Medidas de controle devem ser implantadas nos criatórios estudados, enfocando principalmente os fatores de risco identificados neste estudo para reduzir a possibilidade de infecção por este agente.