INTRODUÇÃO: Apesar de a prática regular de exercício físico reduzir o risco de doença cardiovascular, estudos recentes têm documentado elevações em biomarcadores relacionados com danos cardíacos após exercícios prolongados em indivíduos aparentemente saudáveis. OBJETIVO: Investigar as alterações nos níveis de brain natriuretic peptide (BNP) e troponina T cardíaca (cTnT) em atletas amadores após uma maratona, assim como verificar as possíveis relações entre as alterações, antes e depois da prova, apresentada pelos dois biomarcadores e variáveis do teste cardiopulmonar. MÉTODOS: Estudamos 38 atletas do sexo masculino (40,9 ± 6,29 anos) antes e depois da Maratona Internacional de São Paulo, SP, Brasil. Foram realizadas coletas de sangue na veia antecubital para mensurar os biomarcadores cardíacos, cTnT e BNP 24h antes, imediatamente após e 24h após a maratona. Foi realizado teste cardiopulmonar máximo nas três semanas que antecederam a prova. RESULTADOS: Os valores de BNP e cTnT aumentaram imediatamente após a maratona (p<0,001) quando comparados com os valores basais. No terceiro momento (24h) os valores de troponina tiveram uma redução significativa caracterizando um retorno aos valores basais. Não encontramos correlação entre idade e variáveis referentes a intensidade da maratona, porém encontramos correlação dos biomarcadores com o tempo de conclusão da maratona. CONCLUSÃO: Diferentes causas de liberação podem ser assumidas para cTnT e BNP e, neste caso, parecem não refletir dano miocárdico devido ao comportamento da curva destes marcadores, além de não haver relação entre a liberação dos dois biomarcadores.