Autonomia financeira é um diferencial positivo na gestão pública, sendo referida na Pesquisa de Assistência Médico-Sanitária (2009) por 3,9% dos 52.055 estabelecimentos públicos de saúde. Foi mais frequente em estabelecimentos públicos com internação (17,8% do total), da administração estadual (26,3%) e da Região Sul (6,6%) e, em geral, era parcial (apenas para algumas áreas, como despesas emergenciais, material de consumo e permanentes, serviços de terceiros e pessoal). Quanto à natureza jurídica, 83,7% dos 2.011 estabelecimentos públicos que referiram alguma autonomia são da administração direta. A atribuição de autonomia financeira a estabelecimentos públicos de saúde parece ser definição política local, que não se prende necessariamente a mudanças de natureza jurídica. Ainda assim, confirmou-se um espectro crescente de maior autonomia segundo natureza jurídica, em que estabelecimentos da administração direta da saúde são os menos autônomos e as sociedades empresariais as mais autônomas; 85,8% dos 45.394 estabelecimentos privados tinham alguma autonomia financeira.