A tuberculose é conhecida como uma das mais importantes causas de mortalidade no mundo. O diagnóstico da tuberculose na infância tem entre suas muitas dificuldades o achado bacteriológico do Mycobacterium tuberculosis. Este foi um estudo de caso-controle aninhado em uma coorte prospectiva com crianças que coletaram lavado gástrico em nível ambulatorial e hospitalar, com o objetivo de identificar se o sistema de pontuação para o diagnóstico de tuberculose em crianças negativas à baciloscopia, proposto pelo Ministério da Saúde, poderia ser utilizado como instrumento inicial de identificação do diagnóstico da tuberculose na infância. Um total de 108 crianças foi submetido ao lavado gástrico, sendo que 53 tiveram diagnóstico de tuberculose e 55 com diagnóstico descartado. O sistema de pontuação proposto pelo Ministério da Saúde para o diagnóstico de tuberculose em crianças com baciloscopia negativa apresentou uma boa sensibilidade em ambos os grupos estudados, sendo o melhor ponto de corte o critério 1 (possível diagnóstico de tuberculose) com sensibilidade de 92% podendo, então, ser usado como um auxiliar na investigação diagnóstica de crianças que se submeterão ao lavado gástrico. Nossa recomendação é que o sistema de pontuação do Ministério da Saúde seja utilizado nos serviços de saúde para auxiliar o médico a decidir sobre continuar ou não a investigação da tuberculose infantil, e não somente em crianças que já foram submetidas ao procedimento e tiveram suas amostras com resultado negativo.