Neste estudo objetivou-se validar dois órgãos (brânquia e fígado) de Hoplias malabaricus para análise de biomarcadores de contaminação aquática na Área de Proteção Ambiental (APA) do Maracanã em São Luís-MA. Exemplares de traíra foram capturados em uma lagoa de policultivo e no Rio Ambude, localizados na APA do Maracanã. A biometria foi realizada em laboratório. Brânquias e o fígado de cada espécime foram fixados em formol a 10% e mantidos em álcool a 70% até a execução da técnica histológica usual. Cortes de aproximadamente 5µm de espessura foram corados em hematoxilina e eosina (HE). Os resultados referentes à biometria dos peixes capturados durante o período de estiagem indicaram que o comprimento total e padrão dos exemplares foram maiores quando comparados com os indivíduos do período chuvoso. As alterações hepáticas identificadas foram: lipidose, necrose, infiltração leucocitária, vacuolização do citoplasma, hemossiderina e centro de melanomacrófagos. Constataram-se as seguintes lesões branquiais: fusão lamelar, aneurisma lamelar, deslocamento e necrose do epitélio, proliferações de células do muco e dilatação capilar. As respostas biológicas de H. malabaricus, registradas em nível branquial e hepático, podem ser caracterizadas como biomarcadores de contaminação aquática. As brânquias mostraram-se como os melhores órgãos para esse tipo de análise na espécie. Esses resultados indicam que os peixes da região apresentam a saúde comprometida por poluentes presentes nos ambientes analisados.