Para determinar as principais micoses e oomicoses que acometeram animais domésticos na área de abrangência do Laboratório de Patologia Veterinária (LPV) da Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), foi realizado um estudo retrospectivo em 9.487 protocolos de necropsias e 20.199 exames histopatológicos (totalizando 29.686 casos), realizados no LPV-UFSM, entre janeiro de 1990 e dezembro de 2012. Do total de protocolos analisados, 230 apresentaram micoses ou pitiose (oomicose), sendo 179 casos (78%) de micoses e 51 casos (22%) de pitiose. Os protocolos foram revisados para determinar os principais achados referentes à epidemiologia, sinais clínicos e às alterações macroscópicas e microscópicas. Em dois casos (0,8%) não foi possível determinar o gênero ou o grupo do fungo observado. As principais doenças diagnosticadas, em ordem decrescente de prevalência, foram: pitiose, candidíase, aspergilose, zigomicose, dermatofitose, malasseziose, criptococose, megabacteriose e esporotricose. Outras doenças diagnosticadas numa única ocorrência cada foram histoplasmose e pneumocistose. Os equinos foram os mais acometidos pela pitiose e os animais de companhia (cães e gatos) foram os mais acometidos pelas micoses.