A produção de mudas cítricas em ambiente protegido, associada ao uso de substratos, requer estratégias adequadas de manejo no viveiro. Problemas de falta e/ou excesso de nutrientes freqüentemente causam prejuízos ao setor. Em citros ocorrem diferentes respostas à disponibilidade de boro (B) para a planta e são comuns danos causados pela toxidez desse nutriente. Este trabalho teve como objetivo avaliar os efeitos da adição de B no substrato sobre a absorção e o crescimento de duas variedades de porta-enxertos de citros em fase de sementeira. O experimento foi desenvolvido em esquema fatorial, com limão 'Cravo' e citrumelo 'Swingle' e quatro doses de B misturadas ao substrato na forma de H3BO3 (0, 3, 6, e 12 g m-3 de B), em três repetições. Avaliaram-se os teores de B no substrato no início do experimento, aos 55 e 110 dias de sementeira, e o crescimento dos seedlings e a absorção de B pelas plantas nos mesmos intervalos. Os teores de B no substrato variaram entre 0,1 e 4,7 mg L-1. Aos 55 e 110 dias, houve decréscimo nos teores do nutriente nas plantas provavelmente devido às perdas do nutriente do substrato por lixiviação. Observaram-se sintomas visuais de fitotoxicidade de B nos porta-enxertos cultivados no substrato tratado com 3 g m-3 de B, quando o teor na planta foi >100 mg kg-1. O excesso de B causou redução no crescimento dos porta-enxertos. O maior crescimento e acúmulo de B na massa seca de plantas de citrumelo 'Swingle', comparado ao 'Cravo, indicam maior tolerância do primeiro à fitotoxicidade de B.