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Le portail g-INFO pour surveiller la grippe Influenza A

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Abstract

Overview In this paper, we present the g-INFO (Grid-based International Network for Flu Observation) project that aims at running and connecting various bioinformatics programs, recognized for their accuracy and speed, to continuously reconstruct a robust phylogenetic tree from a set of sequences publicly available and daily updated for the sake of molecular epidemiology. We implemented a dynamic bioinformatics workflow in g-INFO so that an expert can choose which components he wants as well as the order of the components in the workflow for their specific analysis. Workflows are deployed on grid resources to take advantage of its high security, heterogeneity and large-scale computation. Finally, a portal was developed on the top of g-INFO to help user without previous knowledge of grid to build and run bioinformatics workflows easily. Enjeux scientifiques, besoin de la grille Les maladies émergentes sont caractérisées par le fait qu'elles sont par définition peu connues. Il est donc essentiel de pouvoir accumuler rapidement un ensemble d'informations biologiques, épidémiologiques et géographiques sur les foyers identifiés. Ces informations sont souvent très éparpillées géographiquement mais elles doivent être diffusées le plus rapidement possible au sein de la communauté internationale pour alimenter les travaux des chercheurs et pour permettre aux États de prendre des mesures concertées de prévention et de surveillance. Depuis 10 ans, la technologie des grilles informatiques a permis le développement de véritables infrastructures distribuées fournissant de vastes ressources de calculs et de stockage aux communautés scientifiques. Plus récemment, elle met aussi à la disposition de ses utilisateurs des outils de gestion de données distribuées permettant la création de véritables fédérations de bases de données d'accès sécurisé dont les informations peuvent être exploitées à des fins d'analyses statistiques. Grâce à ces progrès récents, les grilles constituent aujourd'hui des infrastructures très prometteuses pour la mise en place de systèmes de surveillance épidémiologique à l'échelle internationale.