OBJETIVO: Monitorar e caracterizar fungos anemófilos e leveduras de fontes bióticas e abióticas de uma unidade hospitalar. MÉTODOS: As coletas foram realizadas mensalmente e em dois períodos, do centro cirúrgico e unidades de terapia intensiva adulto e neonatal em hospital de Araraquara, Estado de São Paulo. Para coleta de fungos anemófilos foi utilizado amostrador tipo Andersen de simples estágio. A pesquisa de leveduras foi feita das mãos e de orofaringe de profissionais de saúde, bem como de superfícies de leitos e de maçanetas das áreas críticas. RESULTADOS: Foram recuperados do centro cirúrgico 32 gêneros de fungos anemófilos e 31 das unidades de terapia intensiva. Os gêneros mais freqüentemente isolados foram Cladophialophora spp., Fusarium spp., Penicillium spp., Chrysosporium spp. e Aspergillus spp. Durante o período de estudo, houve reforma e implantação de uma unidade dentro do hospital, que coincidiu com o aumento na contagem de colônias de Cladophialophora spp., Aspergillus spp. e Fusarium spp. Leveduras foram encontradas em 39,4% dos profissionais de saúde (16,7% das amostras dos espaços interdigitais, 12,1% do leito subungueal e 10,6% da orofaringe) e, em 44% das amostras do mobiliário, com predomínio do gênero Candida (C. albicans, C. guilliermondii, C. parapsilosis e C. lusitaniae) seguido por Trichosporon spp. CONCLUSÕES: Observou-se número relativamente elevado de fungos anemófilos (potencialmente patogênicos) em áreas especiais e níveis expressivos de leveduras em fontes bióticas e abióticas. O monitoramento microbiológico ambiental deve ser realizado, principalmente em salas especiais com pacientes imunocomprometidos, sujeitos à exposição de patógenos do meio ambiente, assim como, advindos de profissionais de saúde. ; OBJECTIVE: To monitor and characterize airborne filamentous fungi and yeasts from abiotic and biotic sources within a hospital unit. METHODS: Collections were carried out on a monthly basis, at two different time periods, from the adult and pediatric intensive care units and surgical center of a hospital in Araraquara, Southeastern Brazil. Collection of airborne fungi was carried out using a simple-stage Andersen sample. The presence of yeasts was investigated in samples taken from the hands and oropharynx of staff members as well as from the surface of beds and doorknobs inside the critical areas. RESULTS: Thirty-two genera of airborne fungi and were recovered from the surgical center and 31 from the intensive care units. Genera most frequently isolated were Cladophialophora spp., Fusarium spp., Penicillium spp., Chrysosporium spp. e Aspergillus spp. During the study period, a new unit was built in the hospital, which coincided with an increase in Cladophialophora spp., Aspergillus spp., and Fusarium spp. colony counts. Yeasts were found in 39.4% of samples obtained from healthcare staff (16.7% from interdigital spaces, 12.1% from nailbeds, and 10.6% from oropharynx) and in 44% of furniture samples, with a predominance of the Candida genus ((C. albicans, C. guilliermondii, C. parapsilosis e C. lusitaniae), followed by Trichosporon spp. CONCLUSIONS: We found a relatively high number of airborne fungi (potentially pathological) in special areas and expressive levels of yeasts in both biotic and abiotic samples. Microbiological and environmental monitoring should be conducted, especially in special areas which include immunocompromised patients, who are more susceptible to the exposure to environmental and staff-derived pathogens.