Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) ; O rambutan é uma frutífera exótica que apresenta alto potencial de mercado, e suas mudas podem ser obtidas por sementes ou vegetativamente. A produção de mudas via sementes é rotineiramente feita no Estado de São Paulo, tendo-se alta variabilidade no pomar, além de demorar mais tempo para entrar em produção. Embora caracteres morfológicos sejam amplamente usados na diferenciação de variedades, as técnicas moleculares permitem a comparação e a identificação genética dos materiais. Diante disso, o presente trabalho foi realizado, comparando progênies e plantas-matrizes de rambutan, por fAFLP. As análises foram realizadas no Laboratório de Bioquímica de Microrganismos e Plantas, do Departamento de Tecnologia - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Câmpus de Jaboticabal-SP, utilizando 06 plantas de rambutan, denominadas: A; B; C; D; E e F. Foram coletadas folhas de 15 plântulas oriundas de cada planta-matriz e realizou-se a extração de DNA, sendo as amostras quantificadas em biofotômetro, e os marcadores fAFLP, obtidos de acordo com o protocolo AFLP Plant Mapping Protocol (Applied Biosystems), utilizando as combinações de pares de primers: ACG/CAC; ACT/CAT; ACA/CTT e ACC/CTT. Pode ser concluído que o uso de marcadores moleculares é eficiente na distinção de materiais e na obtenção de distância genética; não é recomendada a obtenção de mudas via sementes quando a finalidade é a de instalação de pomar comercial. ; The rambutan is an exotic fruit that has a high market potential and the seedlings can be obtained by seed or vegetative. The production of seedlings by seed is routinely done in the state of São Paulo, having a high variability in the orchard, and take longer time to go into production. Although morphological characters are widely used in differentiation of the varieties, molecular techniques allow the comparison and identification of genetic material. Thus, the present research was realized, comparing rambutan stock plants and their progenies, by fAFLP. Analyses were realized at the Laboratory of Biochemistry of Microorganisms and Plants, Department of Technology - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias - UNESP - Jaboticabal/SP, using 06 plants of rambutan, denomined: A, B, C, D, E and F. Were collected leaves of 15 seedlings derived from each stock plant and was done the DNA extraction, being the samples quantified according to AFLP Plant Mapping Protocol (Applied Biosystems), using combinations of pairs primers: ACG / CAC, ACT / CAT, ACA / CTT and ACC / CTT. Can be concluded that the use of molecular markers is effective to distinguish the materials and to obtain the genetic distance; is not recommended to obtain seedlings by seed when the purpose is to install a commercial orchard.