O câncer/neoplasias de mama (CM) é uma doença altamente incidente em mulheres com milhões de novos casos a cada ano. Dentre os avanços tecnológicos destaca-se a tecnologia de RNA-seq que permitiu compreender melhor a expressão gênica, possibilitando desvendar as interações proteicas entre tumores de mama em estágio inicial e recorrente (pós-mastectomia). Novas ferramentas baseadas em bioinformática surgiram para acompanhar o avanço dos sequenciamentos, e tem-se como principais exemplos as plataformas online de análise Galaxy e WebGestalt. Além disso, foi estabelecido o Sequence Read Archive (SRA) como um repositório público para os dados de sequência de nova geração, assim como foi estabelecido o uso do repositório de dados genômicos funcionais o Gene Expression Omnibus (GEO). Neste trabalho, utilizando análise de sequenciamento de RNA total, foi possível demonstrar comparações generalizadas do CM em um estágio inicial com CM recorrente. Além disso, utilizou-se Ontologia Genética (GO), KEGG e Reactome para avaliar as relações funcionais e vias aprimoradas entre CM em um estágio inicial e CM recorrente pós-mastectomia. Em conclusão, através do desenvolvimento deste estudo foi possível descobrir novos biomarcadores que poderão ser utilizados como futuros alvos terapêuticos, possibilitando um melhor diagnóstico e prognóstico no CM visando à melhoria da sobrevida global das pacientes.