El objetivo de esta investigación fue caracterizar morfoagronómicamente 38 poblaciones de maíces criollos provenientes de la Provincia de Manabí. En la época seca del año 2022, se establecieron parcelas de 8 m2 por cada población de maíz criollo, con un distanciamiento de 0,30 m entre plantas y 0,80 m entre surcos; cada surco de 5 m de longitud; en la Estación Experimental Portoviejo (EEP) del Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIAP). Se utilizaron 30 descriptores morfoagronómicos, 19 cuantitativos y 11 cualitativos. Se empleó la estadística descriptiva; análisis de clúster con el método de Ward y distancia de Gower para realizar agrupamientos; el índice “D” de Engels, chi-cuadrado (χ2), coeficiente de Cramer (V) y coeficiente de contingencia (P) para identificar los descriptores discriminantes. Se identificaron varias razas de maíz criollo, incluyendo las razas Candela, Cubano, Tuxpeño, Tusilla y Uchima. Se observó una diversidad genética significativa en las poblaciones estudiadas. El análisis de clúster mostró la formación de cuatro grupos, donde las poblaciones de granos duros con mazorcas grandes y la de granos suaves con mazorcas cortas fueron separadas en grupos diferentes. Las variables cuantitativas altura de la mazorca, longitud de panoja, porcentaje de acame, número de granos por hilera y peso de la tusa registraron índices “D” de 0,75, mostrándose como variables discriminantes en la formación de los grupos, mientras que las variables cualitativas más discriminantes fueron el tipo de grano (χ2 = 49,09***, P= 0,742, V= 0,64), color de grano (χ2= 51,955***, P= 0,75, V=0,64), disposición de hileras (χ2= 18,11*, P=0,56, V=0,39), y forma de la superficie del grano (χ2 = 20,52*, P=0,58, V=0,41). Estos resultados resaltan la importancia de estas poblaciones de maíz criollo como un valioso recurso genético para su conservación y el uso del cereal. Palabras claves: Maíz criollo, diversidad genética, caracterización morfológica, agronómica, razas, conservación, Manabí, Ecuador.