A identificação taxonômica de ossos arqueológicos depende da integridade das peças, o que as vezes não ocorre em sítios altamente impactados pela urbanização. O objetivo da pesquisa foi elaborar um modelo experimental usando técnicas de biologia molecular para auxiliar na identificação de espécies de peixes possivelmente presentes no sambaqui da Prainha, localizado no centro da cidade do Rio de Janeiro, e de uma concreção do sambaqui de Camboinhas localizado na Região Oceânica de Niterói/RJ. Alvos moleculares universais para peixes foram usados no modelo experimental e material arqueológico. Não foi possível recuperar DNA de peixe do material arqueológico, mas isso não diminui os resultados encontrados. O modelo experimental se mostrou promissor, podendo ser aprimorado e usado futuramente em outras pesquisas zooarqueológicas.