La diarrhée est l’une des principales pathologies rencontrées dans les élevages de bovins au Bénin. Les veaux, premiers maillons de la chaîne, en sont les plus atteints. L’objectif de cette étude était d’évaluer la présence des gènes de virulence dans les souches d’Escherichia coli susceptibles de provoquer la diarrhée chez les veaux ainsi que leurs profils de résistance aux antimicrobiens usuels. Pour cela, 106 veaux ont fait objet d’un suivi pendant deux mois après leur naissance dans la commune de Nikki. Au total, 33 échantillons de matières fécales ont été prélevés directement du rectum de 33 veaux atteints de diarrhée et soumis à des analyses bactériologiques. Tous les prélèvements réalisés étaient positifs à E. coli. La caractérisation des souches d’E. coli isolées pour la présence des gènes et facteurs de virulence stx1, stx2, eae, sta, F41 et F5, a révélé la présence du gène stx1 uniquement avec un taux de 63,64 %. La résistance des souches d’E. coli aux antibiotiques les plus utilisés au Bénin a été testée : la doxycycline (taux de résistance de 70 %), l’amoxicilline + acide clavulanique (50 %) et la colistine (50 %). Des études ultérieures sont nécessaires afin de procéder au typage sérologique et au séquençage du génome des souches d’E. coli. Il serait également nécessaire d’étendre l’échantillonnage aux autres régions du Bénin, afin de mieux évaluer le statut des élevages bovins vis-à-vis de ces souches d’E. coli isolées chez les veaux et ainsi identifier un éventuel risque zoonotique.