Las Áreas de protección de flora y fauna Bosque La Primavera (BLP) y Sierra de Quila (SQ) del estado de Jalisco con frecuencia se ven afectadas por factores antrópicos que modifican la distribución espacial y crecimiento de las especies arbóreas. El objetivo de este trabajo fue comparar la dinámica estructural y área basal de especies arbóreas de ambas áreas naturales protegidas en el periodo 2005 al 2020. En campo se midió el diámetro normal (dn) y la altura total de árboles en 91 sitios de muestreo en ambas áreas, establecidos en 2005 y remedidos en 2013 y 2020. El área basal promedio del BLP fue de 13, 12 y 16 m2 ha-1 (2005, 2013 y 2020, respectivamente), con un incremento promedio de 0.21 m2 ha-1 año-1; mientras que en SQ fue de 16, 18 y 20 m2 ha-1 para 2005, 2013 y 2020, con un incremento promedio de 0.27 m2 ha-1 año-1. Las clases diamétricas más representativas para las especies dominantes fueron 10 a 15 cm de dn para Quercus magnoliifolia Née en BLP, Quercus resinosa Liebm y Pinus douglasiana Martínez en SQ y la 20 a 25 cm de dn para el Pinus oocarpa Shiede en BLP. La densidad, el área basal y el incremento periódico anual fue mayor en SQ que en BLP, atribuible a los incendios que afectan cada año en la segunda, a pesar de que en SQ se hicieron cortas de saneamiento por ataque de plagas e infestaciones por muérdago.