O objetivo do trabalho foi verificar o efeito das ondas eletromagnéticas na qualidade sanitária e fisiológica das sementes de soja. As sementes foram submetidas a diferentes períodos de exposição (0, 20, 40, 60, 80, 100, 120, 140 e 160 segundos), sob ondas eletromagnéticas com potência de 900 w e frequência de 2,45 GHz, utilizando-se o micro-ondas e o fungicida dicarboximida (250 g. 100 kg-1 de sementes), como tratamento adicional. Para o teste de sanidade foram utilizadas 200 sementes por tratamento, distribuídas em vinte repetições de dez sementes por placa de Petri. No teste de fisiológico, também foram utilizadas 200 sementes por tratamento, distribuídas em 50 sementes por papel Germitest. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizados, com dez tratamentos e quatro repetições de 50 sementes cada. Foram identificados nas sementes de soja os fungos, Aspergillus niger, Aspergillus flavus, Penicillium sp. e Fusarium sp. Todos os períodos de exposição as ondas eletromagnéticas foram eficientes na redução dos fungos identificados nas sementes. A qualidade sanitária e fisiológica foi favorecida quando as sementes de soja foram expostas até 60 segundos, potência de 900 w e frequência de 2,45 GHz. A exposição das sementes de soja nos períodos acima de 80 segundos, sob condições de potência e frequência estudadas, interferiu negativamente no percentual de sementes duras.