As populações indígenas do Brasil enfrentam desafios significativos na mudança do perfil epidemiológico. Além das doenças infectocontagiosas, o aumento de doenças crônicas não transmissíveis é atribuído às mudanças no estilo de vida e aos hábitos alimentares inadequados. Em 2015, foi criado o Projeto de Aterosclerose em Indígenas para estudar o impacto da urbanização na saúde de duas comunidades indígenas do Nordeste do Brasil. Neste artigo, será relatada a experiência vivenciada por estudantes e docentes de duas universidades públicas do Vale do São Francisco em um projeto que permitiu o desenvolvimento de habilidades para abordar necessidades específicas das comunidades indígenas. Durante essa experiência, os participantes puderam compreender a complexidade e fragilidade do sistema de saúde dessas comunidades, bem como estabelecer uma relação dialógica, respeitosa e construtiva, valorizando os indígenas como protagonistas do processo. Por meio da construção mútua de aprendizado, foi possível superar as barreiras associadas a preconceitos e estereótipos, possibilitando uma abordagem mais humanizada e efetiva para atender às necessidades dessas populações. O projeto permitiu compreender os desafios enfrentados pelas populações indígenas na transição epidemiológica e a necessidade de políticas públicas de saúde específicas. A lacuna na formação de profissionais de saúde em relação às competências para atender esses povos também foi identificada. O projeto destacou a importância de o ensino superior assumir um compromisso social com essas comunidades, garantindo uma formação mais abrangente e inclusiva para oferecer assistência qualificada e humanizada.