Objetivo: Analisar, com base nos requisitos da boa governança pública, a resiliência das três universidades públicas paulistas (UPP), USP, Unesp e Unicamp a novas crises financeiras. Método: Utiliza os princípios basilares da autonomia com vinculação orçamentária das UPP e aborda o papel das Controladorias Gerais (CG) e dos Sistemas de Controle Interno (SCI) como órgãos de suporte à tomada de decisões em um modelo de governança que utiliza de análises de risco como informação estratégica. Originalidade/Relevância: Pela primeira vez é apresentada uma análise comparativa das medidas pos-facto nas três UPP categorizadas com os requisitos de boa governança pública, concluindo-se que essas universidades estão em estágios diferentes de mudanças na governança. Resultados: Mostra que a crise financeira vivenciada pelas três UPP decorreu da concomitância da crise financeira do país e da expansão desmesurada das despesas das universidades sem uma adequada análise de riscos. Com base nas informações disponíveis em portais abertos, constata-se que USP efetivamente implantou a CG e o SCI como uma das medidas pos-facto, porém no geral, ainda predominam critérios político-corporativos internos nas decisões sobre expansão das despesas. Contribuições teóricas/Metodológicas: Demonstra a relevância das CG e dos SCI na governança de universidades públicas com autonomia e vinculação orçamentária. Contribuições sociais/gestão: A principal contribuição é a de demonstrar a importância da interação mais efetiva com stakeholders externos nas decisões institucionais, em contraposição ao atual modelo de decisões orientadas primordialmente por critérios político/corporativos internos.