O estuário da Baía Babitonga desempenha um papel importante para a ictiofauna da região, sendo evidenciado pela elevada abundância de indivíduos juvenis registrados na área de estudo. No presente trabalho, apresentamos uma revisão bibliográfica sobre a ictiofauna estuarina e marinha presente no Ecossistema Babitonga (Baía Babitonga e áreas marinhas adjacentes). Foram analisados 62 estudos de ictiofauna realizados no Ecossistema Babitonga, os quais abrangeram diferentes setores e ambientes: praias estuarinas e arenosas, ambientes rasos, entremarés e de baixa energia; ambientes recifais (costões rochosos e parcéis); canal principal do estuário e plataforma continental externa e interna. No total, foram identificadas 287 espécies e 86 famílias, cuja presença no ambiente foi caracterizada em termos da heterogeneidade e diversidade espacial e temporal, estrutura trófica, produtividade, e as pressões antrópicas no nível das populações, comunidades e/ou metapopulação. 28 espécies merecem atenção especial para a gestão em função do nível de ameaça ou da importância socioeconômica. As informações levantadas a partir desta revisão permitiram também a identificação das lacunas de conhecimento e as ações prioritárias para a conservação da biodiversidade de peixes no Ecossistema Babitonga.