O processo de compostagem é uma prática importante para aceleração da decomposição de carcaças e inativação de patógenos potencialmente presentes no material a ser decomposto. No entanto, é necessário avaliar e promover o funcionamento adequado do processo. Diante disso, o presente estudo teve por objetivo avaliar a eliminação de micro-organismos patogênicos em composteiras construídas em escala laboratorial para decomposição de carcaças de suíno trituradas e em escala piloto para decomposição de carcaças de suíno em pedaços (picadas). Para isso, foram construídas composteiras em escala laboratorial e piloto, onde foram compostadas carcaças de suínos intercaladas com camadas de maravalha, umedecidas com água. A essas composteiras foram adicionadas concentrações conhecidas de micro-organismos patogênicos modelo (Escherichia coli e Salmonella Senftenberg). A redução destes micro-organismos foi acompanhada até a não detecção dos mesmos viáveis. Os resultados indicaram que as composteiras em escala piloto, devido às suas dimensões, atingiram as condições ideais de processo e eliminaram de forma eficiente e mais rápida os patógenos (até 7 dias, quando a temperatura atingida foi acima de 60ºC). Desta forma, este processo é uma alternativa promissora para a destinação de carcaças de suínos se executado dentro de condições adequadas.