RESUMO Objetivo: identificar a frequência de ocorrência do absenteísmo-doença, de acordo com o perfil dos profissionais da Atenção Primária à Saúde (APS), e verificar se houve impacto da pandemia na duração e motivos dos afastamentos. Métodos: estudo transversal, no período de janeiro/2019 a dezembro/2020, com os profissionais de APS de um município do nordeste do estado de São Paulo. Realizou-se estatística descritiva, com cálculo de frequências. Resultados: dos 977 profissionais da APS, 633 (64,79%) utilizaram o atestado médico para justificar sua ausência no trabalho em 2019, e 837 (85,67%), em 2020. O principal motivo dos afastamentos foi as doenças osteomusculares e do tecido conjuntivo nos dois anos. A duração média dos afastamentos foi de 7,33 dias (DP=17,33) em 2019 e de 9,88 dias (DP=16,05) em 2020. Os auxiliares de enfermagem foram os que mais se afastaram em ambos os anos. Conclusões: houve impacto da pandemia na duração e motivos dos afastamentos.