Una de las especies forestales más utilizadas para aprovechamientos maderables es Pinus patula. Actualmente esta especie se encuentra bajo manejo forestal en los bosques del norte del estado de Puebla y en algunas localidades se aplican cortas de regeneración totales. Esta especie, como todos los pinos, depende para su supervivencia de las ectomicorrizas, dada la importancia ecofisiológica de dicha simbiosis. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de la aplicación de cortas de regeneración totales sobre la estructura de comunidades ectomicorrízicas comparada con áreas de retención estructural variable de un bosque de P. patula en Chignahuapan, Puebla. Se seleccionaron nueve árboles dentro de las zonas de interés para obtener muestras de suelo y poder extraer los morfotipos ectomicorrizados, para realizar una caracterización morfológica y anatómica. En total se contabilizaron 3137 raíces ectomicorrizadas, dentro de las que se reconocieron 33 morfotipos distintos. Cuatro de ellos dominaron más de 50% de la abundancia relativa total, entre ellos Cenococcum geophilum. Existió un efecto negativo en la diversidad de morfotipos entre los rodales con manejo forestal en comparación con las áreas de retención. Finalmente, es posible establecer que el aprovechamiento forestal con la técnica de cortas de regeneración totales tiene un impacto negativo en la diversidad de ectomicorrizas; sin embargo, el mantenimiento de áreas de retención puede reducir dicho impacto y contribuir al restablecimiento de la diversidad de comunidades ectomicorrícicas a lo largo del tiempo, al ser un reservorio genético diverso de dichas comunidades.