Introducción. Al declararse la pandemia por SARS-CoV-2, se establecieron múltiples cambios en los sistemas de salud y en las instituciones hospitalarias, influyendo en la actividad quirúrgica global. El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de la pandemia en los niveles de autonomía y supervisión operatorias de los residentes de cirugía. Métodos. Estudio analítico cuasi-experimental, que incluyó los procedimientos quirúrgicos registrados por residentes de cirugía general de la Universidad de La Sabana, de febrero de 2019 a agosto de 2021. Se analizaron la autonomía y la supervisión mediante la escala Zwisch en los periodos prepandemia y pandemia. Resultados. Se recolectaron datos de 10.618 procedimientos en el periodo establecido, la mayoría realizados con abordaje abierto (57,4 %) y en rotaciones tronculares de cirugía general (65 %). Los procedimientos realizados más frecuentes fueron apendicectomía (18,6 %), colecistectomía (18,4 %) y herniorrafías (8,6 %). Se encontró una disminución estadísticamente significativa en los niveles globales de autonomía y supervisión entre los periodos analizados de 2, 4/4, 0 a 2, 2/4, 0 (p<0,001). Discusión. La disminución en la autonomía percibida por los residentes podría corresponder al impacto negativo en la motivación intrínseca de los individuos, en la disminución objetiva en el logro de las competencias esperadas en su proceso de formación quirúrgica y a la pérdida del relacionamiento colectivo propiciado por los aislamientos y limitaciones vividos. Conclusión. La pandemia por COVID-19 impactó negativamente en la autonomía y supervisión operatoria de los residentes de cirugía general de la Universidad de La Sabana, Chía, Colombia.