The occurrence, diversity and similarity of marine fungi detected by the sum of direct and indirect observations in Fagus sylvatica and Pinus pinaster baits submerged at two Portuguese marinas are analyzed and discussed. In comparison with the data already published in 2010, the higher number of specimens considered in this study led to the higher number of very frequent taxa for these environments and substrata; the significant difference in substrata and also in fungal diversity detected at the two environments is also highlighted, in addition to the decrease in fungal similarity. Because the identification of Lulworthia spp., Fusarium sp., Graphium sp., Phoma sp. and Stachybotrys sp. down to species level was not possible, based only on the morphological characterization, a molecular approach based on the amplification of the LSU rDNA region was performed with isolates of these fungi. This was achieved for three isolates, identified as Fusarium solani, Graphium eumorphum and Stachybotrys chartarum. To achieve this with the other isolates which are more complex taxa, the sequencing of more regions will be considered. ; Se analiza y discute la presencia, la diversidad y la similitud de los hongos marinos detectados mediante la suma de observaciones directas e indirectas utilizando cebos de Fagus sylvatica y Pinus pinaster sumergidos en dos puertos deportivosportugueses. En comparación con los datos ya publicados en 2010, el mayor número de especímenes aquíconsiderados condujo a un mayor número de taxones muy frecuentes en estos sustratos y medios ambientales; también debe destacarse la diferencia significativa en los sustratos y también en la diversidad fúngica en los dos medios ambientales, además de la disminución de la similitud fúngica. Dado que no fue posible la identificación de Lulworthia spp., Fusarium sp., Graphium sp., Phoma sp., y Stachybotrys sp. hasta el nivel de especie, basándose únicamente en la caracterización morfológica, se llevó a cabo un estudio molecular basado en la amplificación de la región LSU ADNr con extractos de dichos hongos. Ello se consiguió en tres extractos puros, identificados como de Fusarium solani, Graphium eumorphum y Stachybotrys chartarum. Para llevar a cabo este proceso con otros extractos puros pertenecientes a taxones más complejos, se considerarà la secuenciación de más regiones.