O objetivo deste estudo é avaliar a estrutura das Unidades Básicas de Saúde (UBS) para prevenção e controle da sífilis congênita durante a assistência pré-natal. Para tanto, foi feita uma pesquisa avaliativa, realizada entre agosto de 2016 e abril de 2018 em uma Coordenadoria Regional de Saúde do Ceará. A amostra foi composta por 102 UBS e, para coleta de dados, realizou-se observação direta e aplicação de checklist. A análise de dados foi feita a partir da estatística descritiva e pela correlação de Spearman, e o estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética, sob protocolo nº 1.633.568. Verificou-se que apoio laboratorial, medicamentos, recursos materiais e sistema de referência apresentaram correlação relevante e positiva com a taxa de sífilis congênita. Estrutura física e sistema de registro indicou correlação negativa muito baixa, embora estatisticamente significante. Conclui-se que a recrudescência da sífilis continua sendo um problema de saúde pública. Avaliações de estrutura, como esta, servem como subsídio para construção de ações que visem a prevenção e o controle da sífilis congênita.