Objetivo: Avaliar o Desempenho da Gestão Organizacional dos Serviços Hospitalares no Brasil. Método: Estudo transversal que utilizou dados do Programa Nacional de Avaliação dos Serviços de Saúde-PNASS 2015-2016 para avaliar o Desempenho da Gestão Organizacional de 1665 hospitais do Brasil. Foram utilizados 30 itens de verificação distribuídos em 5 blocos: Gestão de Contratos, Gestão de Pessoas, Gestão da Informação, Planejamento e Organização, Modelo Organizacional, que compuseram um escore de avaliação. O desempenho foi avaliado segundo os indicadores: porte hospitalar, nível de complexidade, esfera administrativa, tipo de gestão, região do país. Verificou-se associação entre Desempenho da Gestão Organizacional dos hospitais com os indicadores: Taxa de Ocupação, Média de Permanência e Valor Médio da AIH. Utilizou-se Análise de Componentes Principais para verificar a relação de dependência entre as variáveis e explicar a variabilidade dos dados. Foi utilizado o modelo de regressão logística ajustado para verificar variáveis que melhor explicam o Desempenho da Gestão Organizacional. Resultados: A média de Desempenho da Gestão Organizacional dos hospitais foi 63,83, os melhores desempenhos estão nos hospitais da região Sul, de nível de Complexidade 8, acima de 150 leitos, de Esfera Administrativa Público Federal e de Gestão Estadual. Na análise de regressão logística o desempenho mostrou-se associado com: Taxa de Ocupação (p<9.87E-09), Porte hospitalar (p<4.49E-10), gestão municipal (p<0.004), Nível Hierárquico Nível 7 (p<0.042), Nível 8 (p<0.022) região Sul (p<0.004), Sudeste (p<0.002). Conclusão: O PNASS mostrou-se adequado para avaliar o desempenho da gestão dos hospitais, foi constatada relação entre melhor desempenho e maior porte e complexidade do hospital.