O objetivo foi analisar as percepções de trabalhadores da atenção primária à saúde (APS) sobre a colaboração interprofissional na perspectiva da ciência de implementação. Trata-se de estudo qualitativo que utilizou a entrevista em profundidade como técnica de produção de dados. Foram entrevistados 15 trabalhadores (três agentes comunitários de saúde, um auxiliar de enfermagem, três enfermeiros, três gerentes, três médicos e dois técnicos de enfermagem) de unidades básicas de saúde no Município de São Bernardo do Campo, São Paulo, Brasil. O roteiro da entrevista baseou-se em três dimensões do Quadro Conceitual Consolidado para Pesquisa de Implementação (CFIR; Consolidated Framework for Implementation Research). Foi realizada análise de conteúdo temática. Na dimensão características da colaboração interprofissional, os entrevistados destacaram a complexidade, e sua possível influência, na implementação e sustentabilidade dessa prática. Na dimensão cenário interno, foram identificados fatores que influenciam a colaboração interprofissional: como se utiliza o tempo destinado a comunicação formal/reuniões de equipe; interações sociais entre os profissionais; e características da liderança, como feedback, autonomia e participação nas decisões. Na dimensão características dos indivíduos, os participantes destacaram a colaboração interprofissional direcionada para a qualidade do cuidado e a necessidade de integração entre os núcleos de saberes. Assim, ações para aperfeiçoar a qualidade da comunicação, a construção coletiva em equipe e o aprimoramento da liderança podem contribuir para melhorar a colaboração interprofissional na APS e potencializar seus impactos na atenção à saúde.