Há muitos anos o homem utiliza produtos naturais como alternativa para o tratamento de doenças, prática essa que perdura até os dias atuais. As plantas medicinais podem ser obtidas em mercados informais e ervanarias para utilização principal em forma de chás. A maneira que as plantas são cultivadas e comercializadas podem submetê-las à presença de impurezas ou micro-organismos, podendo comprometer sua qualidade e eficácia. Este trabalho teve como objetivo analisar a qualidade microbiológica de plantas medicinais comercializadas em mercados informais do município de Juazeiro do Norte, Ceará, qualificando a presença microbiana e fúngica e verificando a presença ou ausência de micro-organismos patógenos. As espécies analisadas foram Matricaria chamomilla, Hibiscus sp. e Peumus boldus. As análises microbiológicas foram realizadas no laboratório de microbiologia da Faculdade de Medicina Estácio de Juazeiro do Norte de acordo com as metodologias adaptadas da Farmacopeia Brasileira, 2010. Nos testes realizados, evidenciou-se a presença de bolores e leveduras em algumas amostras e observou-se também que não havia presença de Salmonella, mas confirmou-se a presença de Shiguella e em 3 amostras foi comprovado a presença de Escherichia coli/Coliformes fecais. Tais resultados demonstram a importância da conscientização dos comerciantes para melhores condições de venda e reforçam a necessidade de maior fiscalização em prol da saúde do consumidor