Este estudo avalia a implementação e descreve as ações desenvolvidas no Programa Saúde na Escola (PSE) pelas equipes de saúde da atenção básica que aderiram ao Programa Nacional de Melhoria do Acesso e da Qualidade da Atenção Básica (PMAQ-AB) em 2012, 2014 e 2018. A participação das equipes em atividades de saúde escolar aumentou ao longo dos três ciclos de avaliação, com ampliação das ações de avaliação clínica, de promoção da saúde e prevenção de agravos. No ciclo II, 24% das equipes realizaram as sete ações de avaliação clínica, 18% realizaram as seis ações de promoção e prevenção. Entretanto, 6,3% das equipes não realizaram nenhuma ação de avaliação clínica e 8,8%, nenhuma de promoção e prevenção da saúde. No ciclo III, mais de 90% das equipes participaram do PSE, o planejamento conjunto para as ações nas escolas foi relatado por 84% das equipes de saúde e mais de 60%, das equipes realizavam reuniões conjuntas com as escolas. Houve institucionalização do PSE em todas as regiões do país, sendo mais desenvolvida nos municípios com 10 a 30 mil habitantes, menor nível de Índice de Desenvolvimento Humano Municipal (IDH-M) e maior cobertura da Estratégia Saúde da Família (ESF). Apesar da evolução positiva, o predomínio das ações de avaliação clínica em relação às de promoção da saúde e a proporção de equipes que ainda apresentam limitações no trabalho conjunto entre saúde e educação sugerem certo distanciamento das diretrizes do PSE. Para avançar na implementação do PSE, é preciso realizar formação dos profissionais de saúde e educação; aprofundar a conexão intersetorial; ampliar a implementação de tecnologias de informação e comunicação e manter políticas que permitam realizar a avaliação do PSE, de forma a subsidiar seu desenvolvimento.