Virüsler günümüzde hastalıklarının önemli etkenleri arasında yer almaktadır. Viral hastalıklar için tasarlanan tedavilerin yetersizliği yeni tedavi yöntemlerinin tasarlanması ihtiyacını doğurmaktadır. 2019 yılında ortaya çıkan COVID-19 (SARS COV-2) de yeni antiviral ajanların ihtiyacı olduğu görülmüştür. Yapılan çalışmalar sonucu sunulan raporlarda viral direncin artığı görülmektedir. Bu çalışmanın amacı, antiviral/antimikrobiyal etkinliğe sahip peptidlerin SARS COV-2 ana proteaz yapısında protein-peptid yanaştırma yöntemiyle araştırılmasıdır. Antiviral aktiviteye sahip antimikrobiyal peptidlerin sayısı hala düşük olsada, hali hazırda farmasötik olarak temin edilebilen antiviral ilaçlar olma yolunda muazzam bir potansiyel göstermektedir. Antiviral etkinliğe sahip alloferon 1, e ctry2801, temporin 1ta, dermaseptin s4, clavanin b, magainin b2 ve magainin b1 peptidlerinin SARS COV-2 ana proteaz (PDB ID:6LU7) yapısında protein çalışması CABSDOCK ile yapılmıştır. Magainin b2 ve peptid ctyr2801 peptidleri bağlanmalarının yüksek düzeyde olduğu, alloferon 1 ve magainin b1 in orta düzeyde bağlanma afinitesinin olduğu, termorin 1ta, dermaseptin s4 ve clavanin b’nin düzey düzeyde bağlanma afinitesine sahip olduğu gözlemlenmiştir. Sonuçlarımıza göre; peptid ctyr2801 ve magainin b2’nin, SARS COV-2 ana proteaz yapısında in vivo çalışmalara ve diğer çalışmalara öncülük edeceği düşünülmektedir.