Objetivo: Estimar a prevalência de fatores associados aos transtornos mentais comuns entre docentes de nível superior. Métodos: Estudo epidemiológico do tipo transversal, realizado em uma Universidade Pública Federal, entre agosto/outubro de 2020. Foram analisados dados do projeto “Trabalho docente e saúde em tempos de pandemia (COVID-19)” e identificadas características sociodemográficas, exposições ocupacionais e condições de saúde mental dos docentes. Utilizou-se para a coleta de dados o instrumento Self-Reporting Questionnaire (SRQ-20), sendo realizadas análises bivariadas com teste qui-quadrado de Pearson e regressão logística bivariada. O estudo foi aprovado por Comitê de Ética em Pesquisa. Resultados: As mudanças abruptas nas rotinas diárias e de trabalho decorrentes da pandemia interferiram no estado emocional dos docentes. O modelo ajustado apontou associação entre os transtornos mentais comuns e ter menos de seis horas de sono por dia, usar remédio para ansiedade, depressão, insônia e estresse durante a pandemia e ter a sensação frequente de ter que escolher a quem frustrar ou decepcionar. A prática das atividades regulares de lazer mostrou-se como fator de proteção para o adoecimento mental. Conclusão: Fica evidente que a realidade de trabalho remoto associado ao contexto de pandemia da Covid-19 trouxe significativas alterações para a rotina e condições emocionais dos docentes.