Em março de 2020, a Organização Mundial da Saúde caracterizou como pandemia a situação sanitária imposta pelo SARS-CoV-2. Para conter o avanço das infecções, a principal medida governamental foi o distanciamento social. As aulas presenciais foram suspensas e o Ensino Remoto Emergencial (ERE) foi adotado visando minimizar os impactos da pandemia na formação discente. As consequências da pandemia atingiram a vida de todos em diferentes aspectos e, especialmente, na saúde. Neste contexto, avaliaram-se os fatores relacionados à autopercepção de saúde dos discentes do curso de Farmácia da Universidade Federal de Minas Gerais, diante do ERE. Foi aplicado um questionário virtual abordando questões relacionadas ao perfil sociodemográfico, hábitos de vida, aspectos de saúde, prática de atividades físicas e uso de medicamentos. Para análise dos dados, foi utilizado um modelo de árvore de decisão. Um total de 401 discentes respondeu ao questionário. As condições mais importantes relacionadas ao ERE foram não ter tempo para lazer e esportes e sentir-se muito ansioso, exausto e sobrecarregado. A depressão foi a variável com maior discriminação na escala de saúde autopercebida. Para além das incertezas que a pandemia nos traz, o ERE impõe uma nova metodologia de ensino-aprendizagem que preconiza o protagonismo discente para a sua consolidação plena, acentuando sensação de estresse, esgotamento, ansiedade e depressão, caracterizando o adoecimento mental que os alunos estão experimentando. Estes resultados ressaltam a importância do acompanhamento na adaptação ao modelo virtual de ensino, visando seu melhor desenvolvimento e a saúde física e emocional dos discentes.