Há muito tempo, os micro-organismos vêm sendo uma promissora fonte de recursos biotecnológicos com aplicações na agropecuária, como para o controle de fitopatógenos. Desta forma, vários estudos têm sido conduzidos com o intuito de se descobrir micro-organismos, como fungos, com potenciais aplicações na agricultura. Diante disto, objetivou-se por meio deste estudo a prospecção química e atividade antagônica in vitro do fungo endófito Phomopsis sp. contra fungos fitopatogênicos. Foram conduzidos dois experimentos. No primeiro experimento, foram conduzidos ensaios de prospecção química do micélio do fungo supracitado, onde foi avaliada a biomassa micelial, seu crescimento em cinco meios de cultura: Batata Dextrose Agar (BDA), Batata Sacarose Agar (BSA), Cenoura Agar (CA), Czapek (CZA) e Triptona Soja Agar (TSA), e incidência de luz e Ressonância Magnética Nuclear (RMN) dos cristais de carbono obtidos nos extratos miceliais. O segundo experimento compreendeu ao teste de pareamento e formação de halo de inibição contra três fungos fitopatógenos (Rhizoctonia sp., Pestalotiopsis sp. e Colletotrichum sp.), onde foram inoculados em placas contendo meio BDA e avaliados após cinco dias de incubação, onde se verificou a presença de halo de inibição. Por meio da prospecção química foi verificado que o fungo endófito Phomopsis sp. possui melhor crescimento em meio BDA sob luz contínua e presença de ergosterol em suas membranas. O isolado também foi capaz de produzir halo de inibição contra os fitopatógenos testados.