RESUMO Este artigo teve por objetivos contextualizar os impactos das inundações na saúde e analisar relatórios do Centro de Operações de Emergência em Saúde, mobilizados pelo Ministério da Saúde (MS), para monitoramento federal desses eventos no Brasil, de 2004 a 2017. Para isso, foi realizado levantamento bibliográfico e documental, incluindo relatórios do MS sobre inundações, e feita análise de dados do Sistema Integrado de Informações sobre Desastres, da Defesa Civil, no referido período. Verificou-se que as inundações atingiram todas as regiões brasileiras, com eventos críticos em 2004, 2009, 2010 e 2011. O MS atuou em nove ocorrências, e essa experiência subsidiou o estabelecimento da estratégia de preparação e resposta, incluindo Comitês de Saúde em Desastres, documentos e normativas para orientar a atividade do Sistema Único de Saúde (SUS) na atuação em desastres hidrológicos. Inundações de grande magnitude exigem resposta rápida, e isso prescinde de preparação prévia. O MS avançou nas articulações intersetoriais e interinstitucionais, no entanto, dotar o SUS municipal da capacidade necessária para atuação oportuna apresenta-se ainda como um desafio a ser superado.