Resumo Objetivo: analisar a prevalência de escolares vacinados contra o papilomavírus humano (HPV) e os motivos relacionados à não vacinação. Método: estudo transversal, com dados da Pesquisa Nacional de Saúde do Escolar de 2019. A amostra foi composta por 160.721 estudantes de 13 a 17 anos. Foram estimadas as prevalências e intervalos de confiança (IC95%) de adolescentes vacinados segundo localização, sexo e dependência administrativa da escola. Avaliaram-se as diferenças entre os estratos pelo teste Qui-quadrado. Estimaram-se as razões de prevalência ajustadas (RPa) e os IC95% pelo modelo de regressão de Poisson. Resultados: a maioria dos escolares foram vacinados (62,9%), sendo a prevalência de meninas (76,1%) superior à de meninos (49,1%). O motivo mais prevalente foi “não sabia que tinha que tomar” (46,8%), sendo as RPa mais elevadas em escolares de escolas públicas do Brasil (1,6; IC95% 1,5;1,7), da região Nordeste (1,2; IC95% 1,1;1,2) e em estudantes de escolas privadas das regiões Nordeste (1,1; IC95% 1,1;1,2) e Norte (1,3; IC95% 1,2;1,4). Conclusão: um a cada dois escolares brasileiros foi vacinado contra o HPV. A desinformação foi um motivo frequente para a não vacinação. As regiões Norte e Nordeste apresentaram as maiores prevalências de não vacinados, observadas principalmente em adolescentes de escolas públicas.